Útvar vnútorného auditu je organizačne priamo podriadený predsedovi SAV. Úrad SAV zabezpečuje materiálno technické podmienky pre výkon činnosti útvaru vnútorného auditu.
Útvar vnútorného auditu vykonáva audítorskú činnosť u zamestnávateľa na celoštátnej úrovni, v auditovaných subjektoch v zriaďovateľskej pôsobnosti SAV v súlade so zákonom č. 357/2015 Z.z. o finančnej kontrole a audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov, ktorej cieľom je najmä.
- overovať a hodnotiť hospodárnosť, efektívnosť, účinnosť a účelnosť pri hospodárení s verejnými financiami,
- overovať a hodnotiť dodržiavanie osobitných predpisov, medzinárodných zmlúv, ktorými je Slovenská republika viazaná, a na základe ktorých sa Slovenskej republike poskytujú finančné prostriedky zo zahraničia, uzatvorených zmlúv, rozhodnutí vydaných na základe osobitných predpisov alebo vnútorných predpisov pri finančnom riadení a iných činnostiach,
- overovať a hodnotiť spoľahlivosť výkazníctva a dostupnosť, správnosť a úplnosť informácií o finančných operáciách alebo ich častiach,
- overovať a hodnotiť úroveň ochrany majetku, úroveň informácií a úroveň predchádzania podvodom a nezrovnalostiam,
- overovať a hodnotiť systém riadenia rizík, identifikovanie a hodnotenie možných rizík súvisiacich s finančným riadením a inými činnosťami ,
- vypracovať správu o výsledku vnútorného auditu na základe preukázaných zistení s uvedením nedostatkov a odporúčaní na ich nápravu, následne ju predložiť predsedovi SAV,
- overovať zohľadnenie odporúčaní na nápravu zistených nedostatkov,
- zabezpečiť zhromažďovanie, vedenie a uchovávanie príslušnej pracovnej dokumentácie ku každému vnútornému auditu,
- vypracovať strednodobý plán a ročný plán na základe objektívneho hodnotenia rizík, ktoré vyplývajú z určených úloh a cieľov správcu kapitoly štátneho rozpočtu s prihliadnutím na výsledky iných kontrol a auditov a tie po schválení predsedom SAV v stanovenom termíne zaslať Ministerstvu financií SR a Najvyššiemu kontrolnému úradu SR,
- vypracovať a zaslať ročnú správu o vykonaných vnútorných auditoch za predchádzajúci rok schválenú štatutárnym orgánom správcu kapitoly štátneho rozpočtu v stanovenom termíne Ministerstvu financií a Výboru pre vládny audit.