- Odbor správy kapitoly štátneho rozpočtu
- Finančný odbor
- Odbor vedy a výskumu
- Odbor medzinárodnej spolupráce
- Odbor informačných technológií
- Odbor prevádzky a verejného obstarávania
- Oddelenie hovorcu
- Oddelenie pre komunikáciu a PR
- Oddelenie vzdelávania a doktorandského štúdia
- Personálny odbor
- Právny odbor
- Oddelenie dopravy
- Oddelenie stravovania
- Oddelenie podpory samosprávnych orgánov SAV
- Oddelenie kvality a rozvoja