- Referát asistenta predsedu SAV
- Referát pre komunikáciu a média (RKM)
- Referát projektových analýz
- Referát vedeckej výchovy
- Personálny referát
- Právny referát
- Referát ochrany práce (OP), Ochrany práce pred požiarmi (OPP), civilnej ochrany (CO) a životného prostredia (ŽP)
- Referát dopravy
- Referát projektov VEGA
- Referát podpory výskumu
- Inštitút strategických analýz
- Referát bilaterálnej spolupráce
- Referát medzinárodných projektov
- Referát závodnej kuchyne
- Kancelária pre transfer technológií
