Na čele Ú SAV je vedúci, ktorého vymenúva a odvoláva predseda SAV. Pracovné miesto vedúceho Ú SAV sa obsadzuje na základe výberového konania podľa Pravidiel výberového konania na obsadenie miesta vedúceho Ú SAV, schválených Predsedníctvom SAV. Vedúci Úradu SAV riadi, koordinuje, organizuje a kontroluje činnosť Úradu SAV.
Vedúci Ú SAV zodpovedá za svoju činnosť Predsedníctvu SAV.
Vedúci Ú SAV zastupuje SAV navonok, koná a podpisuje v jej mene v rozsahu stanovenom týmto Organizačným poriadkom (Časť III – Vedúci Ú SAV). Plní úlohy spojené s povinnosťami SAV ako správcu rozpočtovej kapitoly. Pri rozhodovaní sa riadi všeobecne záväznými právnymi predpismi, Štatútom SAV, uzneseniami Vedeckej rady SAV, uzneseniami Predsedníctva SAV a internými predpismi SAV a Ú SAV.
Vedúceho Ú SAV zastupuje počas jeho neprítomnosti zástupca, ktorého menuje a odvoláva vedúci Ú SAV po predchádzajúcom súhlase predsedu SAV. Zástupca zastupuje vedúceho Ú SAV v plnom rozsahu jeho práv a povinností.
Úrad SAV sa člení na sekretariáty, odbory a oddelenia.
1. Predseda SAV
2. Kancelária predsedu SAV
3. Vedúci Úradu SAV
4. Útvar vnútorného auditu
5. Sekretariáty
- 5.1. Sekretariát Predsedu SAV
- 5.2. Sekretariát 1. oddelenia vied
- 5.2. Sekretariát 2. oddelenia vied
- 5.2. Sekretariát 3. oddelenia vied
- 5.3. Sekretariát podpredsedu SAV pre zahraničné styky
- 5.4. Sekretariát vedúceho Úradu SAV
6. Odbory
- 6.1. Odbor správy kapitoly štátneho rozpočtu
- 6.2. Finančný odbor
- 6.3. Odbor vedy a výskumu
- 6.4. Odbor medzinárodnej spolupráce
- 6.5. Odbor informačných technológií
- 6.6. Odbor prevádzky a verejného obstarávania
7. Referáty
- 7.1. Oddelenie hovorcu
- 7.2. Oddelenie pre komunikáciu a PR
- 7.3. Referát projektových analýz
- Oddelenie vzdelávania a doktorandského štúdia
- 7.5. Personálny odbor
- 7.6. Právny odbor
- 7.7. Referát bezpečnosti a ochrany zdravia pri práci (BOZP), ochrany pred požiarmi (OPP), civilnej ochrany (CO) a životného prostredia (ŽP)
- 7.8. Oddelenie dopravy
- 7.9. Oddelenie celoakademických projektov
- 7.10. Referát podpory výskumu
- 7.11. Referát splnomocnenca SAV pre pravidelné hodnotenie vedeckých organizácií SAV
- 7.12. Oddelenie bilaterálnej spolupráce
- 7.13. Oddelenie medzinárodných projektov
- 7.14. Oddelenie stravovania
- 7.15. Oddelenie podpory samosprávnych orgánov SAV
- 7.16. Referát strategického rozvoja SAV