Na čele Úradu SAV je vedúci, ktorého vymenúva a odvoláva predseda SAV. Pracovné miesto vedúceho Úradu SAV sa obsadzuje na základe výberového konania podľa Pravidiel výberového konania na obsadenie miesta vedúceho Úradu SAV, schválených Predsedníctvom SAV. Vedúci Úradu SAV riadi, koordinuje, organizuje a kontroluje činnosť Úradu SAV.
Vedúci Úradu SAV zodpovedá za svoju činnosť Predsedníctvu SAV.
Vedúci Ú SAV zastupuje SAV navonok, koná a podpisuje v jej mene v rozsahu stanovenom týmto Organizačným poriadkom (Časť III – Vedúci Ú SAV). Plní úlohy spojené s povinnosťami SAV ako správcu rozpočtovej kapitoly. Pri rozhodovaní sa riadi všeobecne záväznými právnymi predpismi, Štatútom SAV, uzneseniami Vedeckej rady SAV, uzneseniami Predsedníctva SAV a internými predpismi SAV a Úradu SAV.
Vedúceho Úradu SAV zastupuje počas jeho neprítomnosti zástupca, ktorého menuje a odvoláva vedúci Úradu SAV po predchádzajúcom súhlase predsedu SAV. Zástupca zastupuje vedúceho Úradu SAV v plnom rozsahu jeho práv a povinností.
Úrad SAV sa člení na sekretariáty, odbory a oddelenia.
1. Predseda SAV
2. Kancelária predsedu SAV
3. Vedúci Úradu SAV
4. Útvar vnútorného auditu
5. Sekretariáty
- 5.1. Kancelária predsedu SAV
- 5.2. Sekretariát 1. oddelenia vied
- 5.3. Sekretariát 2. oddelenia vied
- 5.4. Sekretariát 3. oddelenia vied
- 5.5. Sekretariát podpredsedu SAV pre vedu, výskum a inovácie
- 5.6. Sekretariát podpredsedu SAV pre ekonomiku a legislatívu
- 5.7. Sekretariát podpredsedu SAV pre zahraničné styky
- 5.8. Sekretariát vedúceho Úradu SAV
6. Odbory
- 6.1. Odbor správy kapitoly štátneho rozpočtu
- 6.2. Finančný odbor
- 6.3. Odbor vedy a výskumu
- 6.4. Odbor medzinárodnej spolupráce
- 6.5. Odbor informačných technológií
- 6.6. Odbor prevádzky a verejného obstarávania
7. Referáty
- 7.1. Oddelenie hovorcu
- 7.2. Oddelenie pre komunikáciu a PR
- 7.3. Referát projektových analýz
- Oddelenie vzdelávania a doktorandského štúdia
- 7.5. Personálny odbor
- 7.6. Právny odbor
- 7.7. Referát bezpečnosti a ochrany zdravia pri práci (BOZP), ochrany pred požiarmi (OPP), civilnej ochrany (CO) a životného prostredia (ŽP)
- 7.8. Oddelenie dopravy
- 7.9. Oddelenie celoakademických projektov
- 7.10. Referát podpory výskumu
- 7.11. Referát splnomocnenca SAV pre pravidelné hodnotenie vedeckých organizácií SAV
- 7.12. Oddelenie bilaterálnej spolupráce
- 7.13. Oddelenie medzinárodných projektov
- 7.14. Oddelenie stravovania
- 7.15. Oddelenie podpory samosprávnych orgánov SAV
- 7.16. Referát strategického rozvoja SAV